Газета стала выходить в Томске с 17 марта 1917 года как «Известия Совета солдатских депутатов» Томского гарнизона. Но уже с 1 июня 1917-го носила название «Знамя революции» и была изданием Томского Совета рабочих и солдатских депутатов. В марте-октябре выступала с общедемократических позиций, с ноября 1917-го – с большевистских.

В 1917 году выпущено 170 номеров, в январе-мае 1918 года – 101 номер газеты.
С июня 1918 года, когда власть в Сибири перешла к Временному сибирскому правительству, издание газеты было прекращено и возобновилось с приходом советской власти 20 декабря 1919 года.
В январе 1920 года издание вновь было приостановлено, и в течение месяца выходила газета «Сибирский коммунист», орган Томского губревкома.
В начале февраля 1918 года газету возглавил возвратившийся в Томск В.Д. Вегман, который вернул ей название «Знамя революции».
С 1 октября 1921 года газета была переименована в «Красное знамя», и это название сохраняется до сих пор, невзирая на любые политические пертурбации общества.
В 1920-1944 годах «Красное знамя» было изданием губернского, окружного, затем городского комитетов РКП(б) – ВКП(б) и Советов депутатов.
В 1944-1990 годах газета являлась органом Томского обкома ВКП(б) - КПСС и областного Совета депутатов.
После того, как в апреле 1990 года Томский областной Совет народных депутатов учредил собственную газету «Народная трибуна», «Красное знамя» стало только органом обкома КПСС.
В 1991 году после запрета деятельности КПСС учредителем газеты «Красное знамя» выступил коллектив редакции.
В 1992 году учредителями стали журналисты редакции и коллективы объединений «Россвязь-информ» и «Томскавтотранс».
В 1994-1996 годах газета преобразилась в АОЗТ «Редакция газеты «Красное знамя».
В 1994 году редакция удостоена диплома I степени на конкурсе «Лучшая региональная газета России».
С 1997 года учредитель и издатель - ООО «Редакция «Красное знамя».
Редакцией последовательно руководили: В.Д. Вегман, К.М. Молотов, Г.П. Гоберман, Л.Н. Канцельсон, В.Н. Шафранский, М.А. Михайлов, В.Л. Зайцев, В.И. Смирнов, В.А. Кузьмичев, А.Н. Новоселов, Н.Г. Нестеренко, Э.В. Бурмакин, В.А. Иванов, с 1993 года – Т.Е. Кондрацкая.
Тираж «Красного знамени» составлял в 1929 году 19 тысяч экземпляров, в 1958 году – 82 тысячи, в 1989 году – 188 тысяч. С появлением в Томске альтернативных изданий тираж сократился до 95 тысяч в 1990-1993, до 46 тысяч в 1998, до 40 тысяч в 2000 году. Газета выходит пять раз в неделю. Редакция включала отделы: новостей, экономики, науки, культуры и спорта, социальных проблем и писем, рекламно-коммерческий. Имелись четыре приложения: «Пятница», «Ева», «Бизнес», «Выходной». Имеется электронная версия газеты.
В 1967 году в ознаменование 50-летнего юбилея газета была награждена орденом Трудового Красного Знамени.